Flums wird 765 erstmals ausdrücklich als Erbgut der Viktoridenfamilie im Testament des Bischofs Tello von Chur mit dem Namen «Curtis fluminis» erwähnt. Das bischöfliche Erbe des Verwaltens traten ab dem 13. Jahrhundert die Ritter von Flums an, von denen vor allem Ulrich zu erwähnen ist, der nicht nur äusserst mächtig und reich, sondern auch in kultureller Hinsicht sehr bedeutend war (Stifter des Predigerklosters in Chur und des Hauptfensters in der Kathedrale).

Nach den Rittern von Flums erwarben die «Herren von Grifensee» diesen Besitzstand. Unter ihnen wurde die Herrschaft Flums geteilt in eine bischöfliche (Gräpplangsche) und eine Grifensee-Herrschaft. Besonders hervorragend war im 15. Jahrhundert Petermann von Grifensee, der an Macht und Einfluss über dem Grafen von Sargans stand. Er betrieb in Flums die Schmieden des Gonzenbergwerkes.

Im Jahr 1483 kam Flums durch Kauf an die Eidgenossenschaft. Im Jahr 1528 wurde die Herrschaft Gräpplang an Ludwig Tschudi von Glarus verkauft. Dieser baute den vorher sehr bescheidenen Burgstall von Gräpplang aus, so dass jenes Schloss an Bedeutung gewann, während die alte Burg der Grifensee im Dorf zerfiel.

Im Dorf wurde 1574 das Ritterhaus (Tschudischer Witwensitz) gebaut, das die Witwen, Waisen und ledigen Frauen der Majoratsherren von Gräpplang aufnehmen sollte. So war die Herrschaft Flums wieder vereint, doch bestanden bis 1798 die Gerichtsherrschaften Gräpplang und Grifensee nebeneinander.

Im Jahr 1803 wurde Flums dem neu geschaffenen Kanton St. Gallen zugeschlagen.